快乐的暑假开始了，启人（津村真琴配音）为了扫墓来到了风光秀丽的冲绳，在海边，他和阿海（佐伯鹏配音）一起救下了一位名为美波（三石琴乃配音）的少女，后者遭到了数码兽的攻击，这些数码兽的目标，似乎是美波所携带的一台笔记本电脑，在电脑里究竟隐藏了怎样的秘密？让启人感到意外的是，美波的遇险催生了数码宝贝石狮兽（津久井教生配音）的诞生，它的使命为何？启人发现，在风靡全球的电子宠物V-Pet背后，隐藏着一个惊人的秘密，贪婪邪恶的曼法斯兽企图通过虚拟的数码兽摧毁人类世界，实现它建立数码世界的野心。面对强大的对手，启人和朋友们该何去何从？

横山光輝のSFロボット漫画の名作を３回目のテレビアニメ化。今回は未来世界を舞台とし、原作＝正編に対する“次世代ドラマ”的な趣向で作られた。かつての少年探偵・金田正太郎も現在は45歳、彼は有志の少年少女を集めた金田探偵事務所の所長となっていた。ロボット工学者の妻・陽子との間に生まれた正人も事務所の一員で、彼には新世代の鉄人＝鉄人28号ＦＸが託されている。世界中の悪と戦う事務所の一同の活躍が今日も続く。